సుబ్రహ్మణ్య దేవాలయానికి ఆగ్నేయ కోణంలో వున్న సుబ్రహ్మణ్య మఠాన్ని కూడా సుబ్రహ్మణ్య దేవాలయాన్ని సందర్శించే భక్తులు చూసి రావాలి. శ్రీమద్ మధ్వాచార్యుల వారు ఈ మఠాన్ని తన సోదరుడు, శిష్యుడు అయిన విష్ణుతీర్థాచార్యుల వారికి ఇచ్చారని చరిత్ర చెప్తోంది.

మధ్వాచార్యుల ద్వైత సిద్ధాంతం లో భాగమైన ఈ మఠం లో ఇప్పుడు విలువ ఆధారిత విద్యను కూడా అందిస్తున్నారు. ప్రస్తుతం ఈ మఠం వేదాంత, సామాజిక సాంస్కృతిక కార్యక్రమాలు కూడా చేస్తోంది. కుక్కే శ్రీ అభయ గణపతి దేవాలయం, సంపుట నరసింహాలయం, సోమనాథ దేవాలయం, శ్రీ వనదుర్గా దేవి ఆలయం లాంటి ఎన్నో ఆలయాలను ఈ మఠం నిర్వహిస్తోంది.