షిర్డీ లోని మరో ప్రదేశం సమాధి మందిరం. ఈ స్థలం నాగపూర్ లోని ఓ కొటీశ్వరుడిది అంటారు. బాబా కు పరమ భక్తుడైన అతను ఈ మందిరం లో మురళీధరుని విగ్రహం స్థాపించాలి అనుకున్నాడు. బాబానే మురళీధరుడై అక్కడికి చేరడంతో అది కాస్తా సమాధి మందిరం అయిందని ఐతిహ్యం చెప్తుంది.1954 లో బాలాజీ వసంత్ ఇటాలియన్ పాలరాతితో సాయి బాబా విగ్రహం తయారు చేసాడు. మందిరం ఉదయం 5 గంటలకు ప్రార్ధనల తో మొదలై రాత్రి  10 గంటలకు మూసి వేస్తారు.