భారత దేశం పై దాడి చేసిన పోర్టుగీసుచే 16వ శతాబ్దంలో ఈ చర్చ్ నిర్మించబడినది. చిన్న బసిలికా గా పోర్టుగీసు ఈ చర్చ్ ని నిర్మిస్తే, బ్రిటీష్ వారు ఈ చర్చ్ ని 1893 లో పునర్నిర్మించి కేథడ్రాల్ హోదాని కల్పించారు. ప్రస్తుతం కనబడుతున్న చర్చ్ బ్రిటిష్ వారిచే నిర్మించబడినది. నియోగోతిక్ రూపం లో కనబడుతున్న ఈ చర్చ్ 19 శతాబ్దం యొక్క బ్రిటిష్ నిర్మాణ శైలి లో ప్రాచుర్యం పొందినది.
క్రిస్టియన్ పురాణాల ప్రకారం జీసస్ యొక్క 12 మంది శిష్యులలో ఒకడైన సెయింట్ థామస్ కేరళ తీరం నుండి నేరుగా ఈ పవిత్ర ప్రాంతానికి క్రీ.శ.52లో విచ్చేసాడు. క్రీ.శ.72 వరకు ఇక్కడ నివసించాడు. ప్రస్తుతం సెయింట్ థామస్ మౌంట్ గా పిలువబడే పర్వతం పైన క్రీ.శ.72 లో తన ప్రాణాలను విడిచాడు.
ఈ ప్రాంతం లో ప్రసిద్దమైన సాన్ తోం బసిలికా మద్రాస్-మైలాపూరు మార్గం లో ఉంది. రోమన్ కాథలిక్ చర్చ్ అయినందువల్ల ఇది భారత దేశంలో నే ముఖ్యమైన క్రైస్తవుల ఆధ్యాత్మిక కేంద్రం.