శబరిమల లో ఉన్న మరొక ప్రఖ్యాత పర్యాటక ఆకర్షణ వవార్ మందిరం. రెండు విభిన్న విశ్వాసాల కలయిక ఈ మందిరం. వవారు స్వామి అనబడే ముస్లిం పకీరుకి ఈ మందిరం అంకితమివ్వబడింది. ప్రధాన దేవాలయానికి సమీపంలోనే ఈ గుడి ఉంది. వవారు స్వామి కి అయ్యప్ప స్వామికి మధ్య ఉన్న సంబంధం గురించి అనేక ఇతిహాసాలు ప్రాచుర్యంలో ఉన్నాయి.
వవారు స్వామి, అయ్యప్ప కి వ్యతిరేకంగా పోరాడి ఓడిపోయాక అయ్యప్ప స్వామి కి గొప్ప అనుచరుడిగా మారాడు. చెక్కబడిన శిలా ఫలకం పై వవారు స్వామి ఆకారం కనిపిస్తుంది. ఈ మందిరం లో ఒక పురాతన ఖడ్గాన్నికూడా భద్రపరిచారు. నల్ల మిరియాలని ఈ స్వామి వారికీ సమర్పిస్తారు. ఇక్కడ పూజా పునస్కారాలు ముస్లిం మత పూజారులచే నిర్వహించబడతాయి.
అయ్యప్ప స్వామి గుడికి వచ్చే భక్తులు ఈ గుడికి కూడా వచ్చి ప్రణామాలు చేస్తారు. రెండు మతాల, రెండు విశ్వాసాల కలయిక ఈ వవార్ మందిరం. అందుకే శబరిమల మతాలకు అతీతంగా ప్రజల మనస్సులో ఒక ప్రత్యేకమైన స్థానం సంపాదించుకుంది.